La presencia de grandes lentejones calizos (mud mounds), formando una pila de 300 metros de espesor, caracteriza el entorno geológico de las fuentes del Gándara. Estas moles gigantescas son los testimonios de una antigua barrera de arrecifes del período Cretático. Hacia el este, las calizas construidas dan paso lateralmente a las llamadas margas negras de Soba, correspondientes a sedimentos más profundos depositados al pie del arrecife arcaico (cuenca circa litoral). Al oeste, y por detrás de los lentejones, los estratos calcáreos alternan con bancos de aresnicas o margas (depósitos de plataforma interior). Hacia el Picón del Fraile (véase sector 10), situado aún más al oeste, los depósitos de areniscas de origen deltaico van cobrando cada vez mayor importancia.
Para más información acerca de los lentejones arrecifales, véase la descripción geológica del sector 11 (Peña Lusa).

El lentejón de la Peña del Becerral domina el nacimiento del Gándara. A lo lejos, a la izquierda de la imagen, se distinguen los relieves de Peña Lusa.
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La influencia de la geología en el establecimiento de la morfología de las redes kársticas locales es decisiva. Hacia el este, las margas negras de Soba provocan una barrera impermeable que obliga a las aguas del acuífero a aflorar. A la altura del Peña del Becerral, en los mud mounds calizos se desarrollan galerías imponentes, generalmente de origen freático, que se entrelazan formando un dédalo. Más al oeste, los niveles impermeables de areniscas intercalados entre los de calizas dan lugar a una superposición de galerías independientes, que se acomodan al buzamiento y la fracturación oeste-este.

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